Le système de gestion de flux de travail Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Les flux de travail sont décrits via un langage lisible par l’homme, basé sur Python. Ils peuvent être adaptés de manière transparente aux environnements de serveur, de cluster, de grille et de cloud, sans qu’il soit nécessaire de modifier la définition du flux de travail. Enfin, les flux de travail Snakemake peuvent impliquer une description des logiciels requis, qui seront automatiquement déployés sur n’importe quel environnement d’exécution.